In 1888 ontdekte Van Gogh eindelijk in de Midi het licht waarvan hij gedroomd had, het licht dat de kleuren sterker doet uitkomen en hun expressieve kracht onthult. Heel zijn werk zal erdoor doortrokken worden.
Van Gogh had dus Gauguin gevraagd om samen te gaan werken, maar de sfeer tussen hen beide verslechterde met de dag. Vincent werd steeds nerveuzer en ziekelijker totdat het punt bereikt werd dat Gauguin hem wilde ontvluchten...

In de loop van december verslechterde de relatie tussen Van Gogh en Gauguin. Hun discussies werden steeds heftiger, "uiterst geladen" zoals Vincent het beschreef. Tegelijkertijd ging Vincent's psychische toestand ook achteruit. Op 23 december sneed hij tijdens een woede aanval met een scheermes zijn oorlel van zijn linker oor af. Hij stopte het in een doek en bracht het naar een prostitué van het plaatselijke bordeel. Hij strompelde terug naar het Gele Huis waar hij instortte. Hij werd ontdekt door de politie en overgebracht naar het Hôtel-Dieu ziekenhuis in Arles. Zonder Vincent te bezoeken vertrok Gauguin onmiddellijk naar Parijs, nadat hij eerst nog een telegram stuurde naar Theo. Later zouden Van Gogh en Gauguin nog wel corresponderen, maar elkaar nooit meer ontmoeten.

Voor het portret dat Gauguin van hem maakte, terwijl hij zonnebloemen schilderde en dat hij onaf in Arles achterliet, zou Van Gogh geschreeuwd hebben: "Dat ben ik wel, maar gek!".

 Het bezoek van Gauguin markeert het debuut van een samenwerking vol van tegenstellingen en tegenwerkingen, van bewondering over en weer en afkeuringen, waarbij steeds hetzelfde objectief werd nagestreefd: De navorsing van de oorspronkelijkheid in de schilderkunst, meer precies: in de kleur. Twee maanden na aankomst verlaat Gauguin het Atelier van de Midi vanwege te grote verschillen in karakter en ideeën. Van Gogh zelf vond niet meer de kracht om een portret van Gauguin te maken; hij schilderde alleen zijn zetel, die triest leeg bleef. Ondanks de breuk zal zich bij deze twee kunstenaars die zij aan zij werkten, de toekomst van de moderne schilderkunst af gaan tekenen; het voortlevende expressionisme van Van Gogh en de decoratieve abstractie van Gauguin.

In die tijd broeit de waanzin al bij Van Gogh. Hij bevindt zich in een staat van grote opwinding en snijdt zich plotseling een stuk van zijn oor. Hun briefwisseling zal nog blijven doorlopen, ondanks alles, maar ze zullen elkaar nooit meer terugzien.
Volgens het ons aller vertelde verhaal zou Van Gogh zijn eigen oor hebben afgesneden om het nadien in een doekje aan een prostituee te geven. Het nieuwe verhaal gaat als volgt: Gauguin zou het plan hebben opgevat om het gele huis in Arles, waar de twee samen schilderen, te verlaten. Toen hij uit het huis vertrok volgde Van Gogh hem. Nabij een bordeel laaide hun ruzie hoog op, waarna Gauguin het linkeroor van zijn vriend Van Gogh met een zwaard af hakte. Uit angst of zelfverdediging?, want Van Gogh zou eerder al een glas naar Gauguin hebben gegooid.Volgens de Duitse kunstwetenschappers gooiden beide schilders na de feiten het wapen in de Rhône en besloten ze om het incident te verzwijgen. Gauguin om vervolging te voorkomen en Van Gogh om zijn vriend niet te verliezen. Vervolgens gaf Van Gogh zijn oor aan een prostituee en keerde huiswaarts. Daar vond de politie hem de volgende dag.De Duitse kunstwetenschappers noemen hun theorie 'logisch'. Voor een van hun argumenten baseren ze zich op de laatste brief van Van Gogh aan Gauguin. Daarin schreef hij: "Jij bent stil, ik zal het ook zijn." Ook in brieven aan zijn broer Theo zien de wetenschappers impliciete verwijzingen naar het incident.

Voor van Gogh, die in de Provence achterbleef, weerspiegelt de stormachtige wolkenlucht, de cypressen en de olijfbomen zijn getoermenteerde ziel, die zich hervindt in de kromming van de tekening, de krachtige tekenstijl, de compactheid van de materie en de intensiteit van de kleur. De schilderkunst van Van Gogh berust op het werk met het picturale materiaal, dat vooral uit kleur en textuur bestaat. Hij gaat eermee aan de slag als een beeldhouwer; hij accentueert de reliëfs door dikke lagen verf aan te brengen. Overal laat hij sporen van het mes achter of van de verfborstel en het penseel. Het laatste gebruikt hij zelfs om de lagen verf te behandelen. Maar die textuur is ook kleur: Van Gogh heeft alleen maar werkelijke tinten gebruikt, zonder zelfs de schaduwen van de objecten weer te geven. Dat werk, in heel z’n spontaniteit, heeft geen ander doel gehad dat zijn emoties op het doek over te brengen en ze aan de kijker kenbaar te maken.

In het ziekenhuis in Arles stond Vincent onder behandeling van Dr. Félix Rey (1867-1932). De week na het ongeval was zowel mentaal als lichamelijk kritiek voor hem. Naast veel bloedverlies kreeg hij ook last van psychische terugvallen. Theo, die met spoed naar het zuiden was afgereisd, was ervan overtuigd dat Vincent zou overlijden, maar eind december – begin januari herstelde Vincent bijna volledig en werd uit het ziekenhuis ontslagen.

De eerste weken van 1889 waren niet gemakkelijk voor Vincent. Na zijn herstel keerde Vincent terug in het Gele Huis en bezocht hij Dr. Rey nog een aantal keren voor onderzoeken en om zijn bandage te vernieuwen. Ofschoon hij moed vatte uit de vooruitgang met het schilderen na zijn inzinking, bleef hij geldproblemen houden. Hij was zeer teleurgesteld toen hij hoorde dat zijn vriend Joseph Roulin (1841-1903) een betere betrekking had aanvaard in Marseille, waar hij met zijn familie naartoe zou verhuizen. Met Roulin had Vincent een hechte vriendschap opgebouwd tijdens zijn verblijf in Arles.